La Aduana Argentina es una de las instituciones más antiguas de nuestro país, su comienzo se remonta a los tiempos de la conquista y colonización por parte de España.
Por ser una entidad recaudadora y proveedora de recursos económicos ha tenido influencia y participación activa en el acontecer histórico de nuestra "Patria". Los historiadores consideran como el antecedente más antiguo de la actividad aduanera en tierras del Plata a las disposiciones contenidas en la Cédula Real firmada por el Emperador Carlos V el 19 de julio de 1534, en favor de Don Pedro de Mendoza, autorizándolo a emprender la conquista, "poblar las tierras y provincias que hay en el río de Solís que llaman de La Plata".
Dicha Cédula Real establecía la exención del pago de derechos del 7 ½ % (almojarifazgo) de todos aquellos bienes que llevaran consigo los colonos, para su uso o consumo personal y no con fines comerciales, en cuyo caso, era obligación del Tesorero Don Rodrigo de Villalobos, que integraba la expedición de Mendoza, formular los cargos correspondientes.
El primer registro oficial que se conserva de una operación data del 1 de junio de 1586 y corresponde al ingreso de mercaderías introducidas por la nave " Nuestra Señora del Rosario", procedente de Santos (Brasil), propiedad de Don Alfonso Vera. La fecha señalada anteriormente, fue instaurada como "Día de la Aduana" mediante Resolución Nro. 792/62.
Durante muchos años el desarrollo de la actividad aduanera estuvo ligada al lento crecimiento poblacional de la región del Plata que registraba una escasa actividad comercial y reducida recaudación. El monopolio comercial impuesto por la Metrópoli durante el siglo XVI afectó seriamente al Río de la Plata porque se priorizó las rutas de las colonias proveedoras de metales preciosos.
Recién en 1776 España creó el Virreynato y permitió que Buenos Aires comercializara libremente sus productos con los Virreynatos del Perú, Nueva España, Nueva Granada y Guatemala. En 1777 el primer Virrey, Don Pedro de Zeballos, autorizó el libre comercio entre el Río de la Plata y los puertos españoles, comenzando la reactivación comercial de Buenos Aires. En 1778 se crea la Real Aduana en esta ciudad. 
La Revolución de Mayo impulsó medidas que aseguraran la libertad de comercio sin restricciones, lo que implicó reorganizar las instituciones administrativas y transformar a la Aduana en concordancia con el espíritu revolucionario de la época que estaba imbuido del liberalismo filosófico y político vigente a comienzo del siglo XIX. Los primeros gobiernos patrios se fijaron como objetivos mejorar los servicios aduaneros, combatir el contrabando y el aumento de la recaudación tanto nacional como provincial, dado que existían aduanas interiores.
Desde l826 fracasaron diversos intentos para unificar las aduanas. Recién en 1852, después de la caída de Rosas, en el Acuerdo de San Nicolás, se determina que los impuestos de aduana en las importaciones - exportaciones tendrán carácter nacional y que las mercaderías de origen extranjero, una vez nacionalizadas podrán transitar libremente de una provincia a otra.
Distintas denominaciones del organismo.
1877: Dirección General de Rentas
1931: Dirección General de Aduanas
1947: Administración General de Aduanas y Puertos (Ley Nro. 12964)
1949: Dirección Nacional de Aduanas (Decreto Nro. 8803)
1963: Aduana de la Nación (Ley Nro. 6087)
1969: Administración Nacional de Aduanas (Decreto Nro. 6979)
1997: Dirección General de Aduanas (Decreto Nro. 418/97)